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【教程】構建載體其實一點也不難！
發布時間： 2021-08-26 點擊次數： 2803次我們在研究基因的功能時，逃脫不掉的就是為了我們的實驗目的，可能需要構建各種載體，比如表達載體，克隆載體，基因打靶載體等等。很多人在構建載體的時候都感覺很困難，特別是對于一個剛進入實驗室的新人來說那更是難上加難，*摸不著頭腦。
那是因為其實構建載體是一個不小的工作量，需要經歷很多的過程，比如首先我們需要設計引物引入酶切位點，接下來還需要經歷酶切酶連等過程，只要其中的某一環節出現問題，那最終都會導致實驗失敗。
構建載體最關鍵的一步就是設計引物引入酶切位點，一旦引物設計好，那接下來就非常簡單了，今天重點就來教教大家如何利用 snapgene 輕松獲得構建載體所需的引物序列。
1. 打開軟件，選擇第一個（紅線標記），然后輸入基因的 CCDS 序列（基因的 CCDS 序列可在 NCBI 數據庫中獲得）
2. 點擊 ok 后界面如下，圖中顯示的是會切割基因編碼序列的酶
3. 接下來點擊最上面的 Enzymes Noncutters，會顯示所有不會切割基因編碼序列的酶，這些酶都是我們可以用的，選酶的標準：要選擇不能切割目的基因序列并且質粒上含有的酶，還有就是最好是實驗室有的酶。
4. 確定了可以用的酶后，接下來需要確定設計引物時用的這兩種酶，確定方法：這兩種酶最好不要鄰近，最好使用雙酶切有共同 buffer 的酶,兩個酶切位點最好不要是同尾酶（切下來的殘基不要互補），否則效果相當于單酶切。
5. 確定了所要用的酶之后，接下來需要做的就是設計引物并引入酶切位點（注意：一定要看清楚載體上 promoter 的方向，將 CDS 正向插入到 promoter 后面）
6. 點擊左下角的 sequence，然后拉取上游一部分基因本身的序列，拉取的時候會顯示拉取的堿基的個數以及 Tm 值，拉取到 Tm 值 55 度左右就可以（55 度以上最好）
7. 然后點擊 primer——add primer，選擇 top strand
8. 點擊 insertions，在 site 位置處選擇你準備引入的酶，比如我要引入 EcoR I，那我就選擇它，然后點擊 insert，這樣我們就引入了該酶的酶切位點。
9. 接下來需要添加保護堿基，一般所有的酶的保護堿基都加三個，加哪個堿基沒有要求，使 GC 含量及 Tm 值適中即可。
10. 這樣上游引物就設計好了，接下來需要檢測一下引物是否會形成發卡結構，可以應用 OligoCalc，如果發現會形成發卡結構，那就需要對引物序列做出一些調整，直到發卡結構消失。
11. 接下來拉取基因的下游的一部分序列，用同樣的方法設計好下游引物，有一點需要注意的是，設計下游引物的時候選擇 bottom strand。
這樣構建載體所需的引物就設計好了，怎么樣，是不是感覺其實也沒有那么難，接下來就可以構建屬于你自己的載體了。
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