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PCR 引物設計
發布時間： 2023-05-05 點擊次數： 1885次好的引物會讓 PCR 實驗成功一半，因而，引物設計一直都是 PCR 非常重要的環節。經典之法就是讓 Premier5 攜手 oligo，共同設計 PCR 引物。
1、以小鼠的 IL-17 為例，進入 NCBI 界面,選擇 Nucleotide 后，輸入 IL-17，點擊 search。然后選擇人類 IL-17 的 mRNA，在 CDS 選項中，找到編碼區所在位置，在下面的 origin 中，
選定目的序列。
2、打開 Primer Premier5 軟件，點擊菜單欄 File|New|DNA Sequence，在出現的對話框里黏貼目的序列，并在 paste 對話框里選擇 As Is，點擊 OK。
3、點擊 Primer，彈出菜單后點擊 search 按鈕。在彈出的 Search Criteria 中，選擇 PCR primers，Pairs 參數，并選擇所需PCR 產物長度，點擊 OK。在彈出的 search progress 菜單中，點擊 OK。
4、在搜索出的結果列表里選擇 Rating 值高，bug 較少的引物#1，在 Primer Premier 中選擇 S（正義鏈）/A（反義鏈），點擊 edit primer，將所得引物改成為 Rating 值為 100，無 bug 的引物，即無發夾（Hairpin）、無二聚體（Dimer）、無錯配（False Priming）和交叉配對（Cross Dimer）的引物。點擊 Accept and Quit 命令即可。
5、點擊菜單欄中 Edit∣Copy∣Sense Primer/Anti-sense Primer，即可得到設計的引物。
6、接下來，就要用 Oligo 軟件驗證評估 Premier5 軟件所設計的引物，單擊菜單欄里 File∣New Sequence 可打開以下窗口，并將設計好的上游引物黏貼在空白框里。
7、點擊菜單欄里 Accept/Discard 中的 Accept，則會出現 Tm、△G 和 Frq 三個窗口, △G 值反應了序列與模板的結合強度，最好引物的△G 值在 5’端和中間值比較高，而在 3’端相對較低。
8、點擊菜單欄里的 Select 中的 Upper Primer 將當前引物設置為上游引物。同時點擊菜單欄里的 Edit 中的“Lower Primer"命令，在 Edit Lower 窗口中輸入下游引物的序列。點擊 Accept and Quit 命令即可。
9、最后，在菜單欄中 Analyze 完成引物△G 值、Tm 值、引物二聚體和發夾結構的分析后，可將引物序列送至公司進行合成即可。深圳安培生物科技有限公司，是一家具有核心的技術實力、壹流的經營管理水平和完善的市場銷售體系的生物高科技企業。總部設在廣東，服務面向全國。安培生物集進口試劑、實驗室耗材銷售、技術服務與合約開發為一體的專業化高科技公司，旨在為生命科學的發展提供壹流的產品與服務。本公司建立了涵蓋分子生物學、細胞生物學、免疫學、信號傳導和神經科學等領域的產品供應線，在各個領域內向用戶提供世界前沿水平和質量穩定的產品，安培生物致力于為廣大的科研機構、高等院校等優質客戶提供優質的產品、技術支持與服務。
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